Bakterierne er vores fjender, som vi aldrig helt vil kunne undgå, men de kan holdes nede med visse forholdsregler. En fugtig bund, blandet med den varme luft i terrariet, vil nemt blive et paradis for bakterier, hvis det ikke holdes rent. Som nævnt før bliver mange parasitter spredt gennem afføringen, så få den UD af terrariet! Købevandfald ser tit flotte ud og er med til at give dyrene løbende vand, som de drikker af, men vil nemt få bakterier, så husk at skifte det HVER dag. En kamæleon med et godt immunforsvar vil måske godt kunne holde bakterierne nede, men en stresset kamæleon, måske med en rift, vil have svært ved at klare det selv. Den syge kamæleon bliver kørt til dyrlægen og får sandsynligvis en sprøjte med baytril (antibiotika), som hjælper immunforsvaret op igen, men hvis kamæleonen kommer tilbage i sit gamle terrarie, vil det jo ikke hjælpe noget, hvis man ikke har fundet årsagen til, den blev syg. Bakterier kan bl.a. resultere i indre infektioner, bl.a. nyrer, men altså også i huden. Sygdomme så som Lungebetændelse kan også skyldes bakterier. Neomycin 7mg pr kg oralt i 10 dage har vist sig at være rigtigt godt imod flere bakterieinfektioner. Både Reptaid  og F10 SC har vist sig at have en god effekt på bakterieinfektioner.